慢性骨髓性白血病早期症狀不明顯，半數病人確診時沒有明顯症狀，部分為健康檢查抽血時意外發現。病程一般可分為三個階段：

慢性期：血液及骨髓中不成熟的骨髓芽細胞只佔少數，不到 10%。臨床症狀輕微或無症狀，部分病人在抽血時意外發現，也有人因脾臟腫大而確診。一般對藥物控制效果好。

加速期：血液或骨髓中不成熟的芽細胞比例增加至 10~19%，或脾臟腫大難以控制。加速期平均約維持 3~6 個月。

急性期：隨著疾病進展，血液或骨髓中不成熟芽細胞超過 20 % 以上，形同急性白血病，有時甚至在骨髓外形成腫瘤，如骨骼、淋巴結，或造成腦脊髓組之侵犯。對標靶藥物治療效果較差，需要進行異體造血幹細胞移植治療以便長期疾病控制。

慢性骨髓性白血病的緩解，可分成三個層次：

血液緩解：血液的抽血數目檢查正常，血球細胞的分化也正常，恢復正常血球功能。

染色體緩解：經治療後，染色體恢復成正常核型變化。

分子緩解：最理想的情況是能在一年內達到 log 值小於 -3 （即BCR-ABL的分子小於0.1%），之後如果能繼續降至 -4或是-4.5以下、甚至是-5以下（-5一般為此分子檢測的極限）則預後相當理想。